结核病及其他肺部疾病的诊断及治疗胆道疾病、消化道肿瘤、甲状腺、乳腺疾病的诊治。对疑难杂症有较强的处理能力妇科内镜，子宫出血，宫颈病变，妇科肿瘤，尿失禁
李琦，在重症患者肺换气功能监测、吸入气体在肺内的分布、肺部疾病患者心肺相互作用的研究、脉冲震荡法测定肺癌患者的呼吸力学及运动心肺功能试验在评估肺癌外科手术适应证中的应用等研究中做出一定成绩。作为课题负责人，独立立题和组织实施6项课题，其中两项课题分别获北京市优秀青年知识分子培养基金、北京市跨世纪人才工程专项基金的资助。
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