黄山市第三人民医院核定编制床位260张，固定资产达1.2亿元。截止到2014年5月，全院在岗职工216人，其中专业技术人员179人，高中级以上职称56人，硕士研究生2人。设有内、外、骨、妇产、儿、感染、麻醉、血液透析、急诊、眼、耳鼻咽喉、口腔、中医（含中医内科、骨伤和针灸）等临床科室及检验、血库、病理、放射、B超、心电图室、内窥镜、手术室等医技科室。黄山市徽州区120急救分中心设在市三院。
医院配置有飞利浦MX4000D螺旋CT、日本岛津500MAX线机、日本富士CR、PL112C臂机、日本全自动生化分析仪，细菌鉴定/药敏分析仪、尿液有形成分分析仪、全自动血球分析仪、飞利浦HD11彩超、百胜彩超、日本富士电子胃镜、幽门螺旋杆菌检测仪、雅培血细胞分析仪、德国760腹腔镜、德国费森尤斯血液透析机、麻醉机、呼吸机等一大批先进设备及基础医疗设备300多台。