南京南中医大国医堂门诊部主要由校内一批在国内及本省中医界有影响的著名专家（名中医、名中西医结合专家）、教授、学者主诊，开设有名中医专家门诊、多种疾病专家、针灸科、推拿科、本医内科、外科、急诊科、口腔科等，配备有精品草药房、中、西药以及检验、放射、心电图、B超等临床检查科室，形成了以名老中医、专家为主体，以应用中医药、科研用药、开展特色专科为优势，集教学、科研、医疗为一体的门诊体系。